Das CeBB fungiert als Kulturdrehscheibe, Informationszentrum, Ansprech- und Kooperationspartner zwischen den bayerischen und tschechischen Nachbarregionen. Seit 2016 ist das Centrum Bavaria Bohemia im Auftrag des StMWK und des StMUK Koordinierungsstelle für die bayerisch-tschechische kulturelle Zusammenarbeit.